單細胞表達分析儀\系統(tǒng)

單細胞表達分析儀\系統(tǒng)

BD Rhapsody單細胞表達分析儀,免疫靶向檢測

BD開發(fā)的Rhapsody^TM 單細胞分析系統(tǒng)與傳統(tǒng)的全轉錄組測序分析（WTA）相比，可以同時處理12個樣本，極大程度節(jié)省了實驗時間和成本。并且可以區(qū)分異質細胞，沒有傳統(tǒng)方法取單細胞混合樣本平均值的劣勢。除了需要上illumina系統(tǒng)進行測序之外，全轉錄組分析的細胞處理，RNA提取純化和文庫制備等步驟，Rhapsody^TM 單細胞分析系統(tǒng)都能完成。

數(shù)千個單細胞數(shù)百個基因的平行分析

單細胞 RNAseq 正在改變我們對細胞的理解。BDRhapsody™單細胞分析系統(tǒng)基于 BD 在細胞生物學領域 40年的專業(yè)技術，滿足您的實驗需求，在單細胞水平理解細胞形態(tài)和功能。

這種全新的分析系統(tǒng)克服了傳統(tǒng)檢測的局限性，例如微陣列和大量細胞 RNAseq，這些檢測通過實現(xiàn)對各個細胞之間的微妙差異的觀察，依賴于對多個細胞的平均檢測。用戶可以鑒定和表征新型和罕見細胞類型，其進一步幫助理解從免疫學到腫瘤學等多個領域內的生物學過程。

BD Rhapsody單細胞分析系統(tǒng)能夠對成千上萬個單細胞的數(shù)百個表達基因進行數(shù)字定量，提供足夠靈活的定制測定法以滿足任何實驗需要，其有效系統(tǒng)可縮短實驗時間和降低測序成本。

產(chǎn)品特點

捕獲并分離細胞，通過磁珠對細胞和mRNA轉錄本進行分類

The BD Rhapsody cartridge enables single-cell capture and indexing of cells and mRNA transcripts on magnetic beads.

分子標簽可以克服PCR偏差

Patented technology assigns unique cell and molecular indices to generate more accurate transcript quantification.

可以定制靶向組合（panel）

Characterize novel and rare cell types using custom or predesigned targeted gene panels.

提供數(shù)據(jù)分析工具

The BD Rhapsody system provides all the tools needed to analyze, visualize and understand your data.

BD Rhapsody系統(tǒng)主要應用的靶向基因檢測試劑盒（panel）

靶向方法有助于提高單細胞測序效率，并推動對當今一些挑戰(zhàn)性的科學領域的進一步探索。BD經(jīng)驗證的檢測試劑盒（panel）顯示穩(wěn)定且可重現(xiàn)的細胞異質性陣列，可用于探索與眾多應用相關的細胞類型。BD Rhapsody 系統(tǒng)包括以下檢測試劑盒（panel）：

□ BD Rhapsody Onco-BC 靶向檢測試劑盒（panel） – 與乳腺癌和免疫細胞相關的 400 個基因

□ BD Rhapsody 免疫反應檢測試劑盒（panel） – 免疫細胞類型譜分析

□ BD Rhapsody  T-細胞靶向檢測試劑盒（panel）

□ BD Rhapsody 補充檢測試劑盒（panel）

□ BD Rhapsody 自定義檢測試劑盒（panel）

更有效的測序可以更低的成本實現(xiàn)更高的通量

由于與高通量實驗方法相關的測序成本，單細胞實驗往往非常昂貴。BD Rhapsody 單細胞分析系統(tǒng)設計有多個功能，可以更有效地利用測序來降低實驗成本。

靶向測定 - 由于檢測靈敏度的提高，特定的基因組合方法可使用少量的時間和成本，幫助產(chǎn)生類似于全轉錄組分析（Whole Transcriptome Analysis，WTA）測定的結果。這種方法還提高了 UMI 計數(shù)效率，從而極大程度的節(jié)省了實驗時間和成本。

儲存 - 從樣本中得到的完整 cDNA 可在磁珠上穩(wěn)定存儲，允許將珍貴樣本保存長達 16 周。這可使用戶在時間允許的情況下靈活地對樣本進行測序，并通過對儲存的磁珠池進行等分或分樣來實現(xiàn)同一樣本的多個測定。

分樣 - 在磁珠上儲存的 cDNA可以分成一個或多個等分試樣，并使用定制或預先設計的組合（panel）進行擴增。通過提供對部分樣本進行測序的選項和對樣本不同組合（panel）進行測試的靈活性，分樣可降低成本。

干細胞-：

系統(tǒng)組件

□ BD Rhapsody 掃描儀

□ BD Rhapsody 上樣臺

□ BD Rhapsody 卡式芯片

□ 分子標簽試劑和文庫制備

□ 特定應用的靶向檢測試劑盒（panel）

□ 生物信息學工具

BD Rhapsody系統(tǒng)工作流程：單細胞端到端分析

1. 單細胞分離并捕獲mRNA。

2. cDNA合成，UMI標記轉錄本。

3. cDNA擴增，制備文庫

4. Illumina測序儀測序

5. 數(shù)據(jù)分析。

單細胞分離和mRNA標記流程

1.在微孔中，一個細胞與一個條碼標記磁珠匹配

2.裂解細胞將 mRNA與磁珠上條碼標記的捕獲寡核苷酸雜交

3.磁珠回收

4.cDNA 合成

5.測序和構建單細胞基因表達譜

組件

掃描儀和上樣臺

掃描儀掃描每個cartridge，它的微孔內含細胞和磁珠。包括活細胞或死細胞，微孔含單細胞或成對細胞。

上樣臺：簡單、實惠、便攜；適合放置組織培養(yǎng)物。

單細胞單基因索引

同時標記細胞和mRNA

當對序列讀取進行計數(shù)時，PCR 擴增偏差可導致基因定量不準確。BD 的分子標簽（UMI）技術為單個細胞的單個基因分配了*的分子索引，也稱為“分子條形碼"。實驗者可借此克服擴增偏差，更準確地計算轉錄水平。

從左到右依次為

磁珠

Univ：Universal Illumina adapter sequence。通用illumina接頭序列。

CL：Cell specific sequence細胞特異序列。同磁珠上的寡核苷酸相同。大約有88.5萬種細胞標記。

UMI：Unique molecular index。每個mRNA分子有相同標簽。UMIs種類：約6.6萬。數(shù)字定量mRNAs，并且克服PCR擴增偏差。

Poly-dT：mRNA尾連接。

數(shù)據(jù)自動分析

Complete analysis pipeline 分析通道

Provide visualization tool 可視化工具

Minimal bioinformatics  knowledge required 信息學知識要求低

Output data compatible with variety of secondary analysis tools輸出數(shù)據(jù)與多種二級分析工具兼容

Data processing transparency 數(shù)據(jù)處理過程透明

Local and cloud based 本地和云端數(shù)據(jù)

installation options 可選安裝

靈活選擇Panel

已有panel：~400 targets selected and wet lab validated

乳癌 人T細胞表達 免疫反應panels（人和鼠）

補充panel：按需增加100個額外targets

Customize pre-designed or  custom base panels with  additional targets

Enhance coverage or correct  issues easily and cost  effectively

Expand panels and explore  unexpected targets iteratively,  based on experimental results

定制基礎panel ：~100 – 500 targets per panel  selected by users or with help  from BDG

Easy to use web tool for  target selection and primer  design for in silico verification Human and Mouse

BD Rhapsody 免疫反應檢測試劑盒（panel） – 免疫細胞類型譜分析

BD Rhapsody™ Immune Response Targeted Panel (Human)

Targeted human immune gene panel for the BD Rhapsody Single-Cell Analysis System

•經(jīng)過驗證的靶向檢測panel，專注于與人類免疫細胞表型相關的基因

•與3'全轉錄組測序方法相比，靶向測序方法需要的reads少很多

•可重復的分析方法適合多種應用

人體免疫系統(tǒng)是一種復雜的器官和細胞類型的防御網(wǎng)絡，能夠抵抗病原體，環(huán)境抗原和癌癥。 免疫應答包括多種細胞相互間的復雜作用。 這些細胞參與外來病原體或細胞的監(jiān)視和識別，炎癥信號的分泌和募集，特定的適應性免疫細胞的協(xié)調和擴增以及用于免疫記憶和抗體產(chǎn)生的適應性細胞的成熟。了解這些過程如何正常發(fā)揮功能和調節(jié)異常是理解諸如炎癥，感染和癌癥等疾病的基礎。

• Validated panel focuses on genes relevant to phenotyping human immune cells

• Targeted sequencing approach requires dramatically fewer reads than a 3’ whole transcriptome sequencing approach

• Reproducible assay empowers numerous applications

The human immune system is an intricate defense network of organs and cell types that protect against pathogens,environmental antigens and cancer. The immune response consists of complex interactions among several cell types. These cells are involved in surveillance and recognition of foreign pathogens or cells, secretion and recruitment of inflammatory signals, coordination and expansion of specific adaptive immune cells, and maturation of adaptive cells for immune memory and antibody production. Understanding how these processes function normally and in instances of dysregulation are fundamental to understanding such diseases as inflammation, infection and cancer.

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